明清史研究具有很强的现实意义。这段历史距离我们今天较近，其许多重大制度、风俗、民族、边疆、外交等与现实有重要的关联。加之近年来国家对清史研究高度重视，国家清史编纂工程的开展，社会对清史研究的关注程度日益升温。鉴于此我社对明清典籍的整理尤为重视，目前成为我社的一大出版特色。蝠池书院成立十年来已影印出版明清史料文献档案书籍二十多个选题造书近千册，包含子目几千种。
明清典籍，由于官方重视修史以及私人著述繁荣等原因，无论数量和内容上都远胜历代。现存史料主要包括：档案、正史、政书、传记、文集、奏议、谱牒、笔记、日记、地方志书、丛书类书、墓志碑刻等等。这些都是明清研究必不可少的原始资料。其中有的卷帙浩繁；有的内容庞杂；有的当时印数很少，加之年代久远，流传下来的就更少，一般难于见到；有的甚至是未刊抄稿本。对于这些资料只有经过发掘遴选，或加以分类汇编，或是文献集成、或是影印单行，方能使之更好地服务于当代的学术研究。
明清文献中，最重要、最可靠的首推档案，在这方面我们影印出版了《清代吏治史料》正编103册及续编45册，《清廷签议‘校邠廬抗議’档案汇编》25册，《康熙帝钦查地方官民史料》25册，《康熙朝雨雪粮价》17册，《清廷查办秘密社会案》40册，《清代同治朝筹办夷务始末》25册，《明代基本史料丛刊·奏折卷》100册。其中《清代吏治史料》和《清廷查办秘密社会案》更是获得了获得了国家古籍整理出版的专项经费资助。这些珍贵档案的出版为明清研究提供了大量的第一手资料。
面对众多的明清文献，为有利于学者开拓研究领域，填补空白，或在原有基础上更加深入，我社陆续整理编辑、影印出版了大量专题类的资料汇编，涉及明清两代的政治、军事、经济、财政、中外关系、边疆史地等各个方面。如：《明代基本史料丛刊·邻国卷》80册、《明代基本史料丛刊·边疆卷》100册，《近现代中国边疆界务资料》正编12册，续编10册，三编10册。《中国边疆行纪调查记等边务资料丛编》初编50册，续编20册。
明清两代藏书事业极为发达，学术文化集历代之大成，不仅官方注重收藏，私人藏书也蔚为风气，在明清史研究中历来受到极大关注。我社亦编辑出版了大量书目和版本学著作，为研究古代典籍的版本及源流、藏传提供文献依据。蝠池书院今年（2013）出版的《明代基本史料丛刊·文集卷》分三辑共200余册，收入整个明代的作者上千人，文章逾万篇，是迄今编纂大型明代文集总集的一项重大成果。
如上所述，蝠池书院出版社在明清各类典籍文献的发掘整理上，深入涵盖了档案、政书、方志、传记、日记、文集、笔记、文学、书目版本等方方面面，为明清史研究提供了珍贵资料，以珍贵逼真、方便实用彰显出这些古籍蕴藏的巨大学术价值。
