1925年故宫博物院成立，原清代宫中及中央各机构的档案，交予故宫博物院管理。该院于图书馆下设掌故部，具体负责各项档案的收集、整理、保管与编辑出版等项工作。掌故部于1928年创编出版《掌故丛编》，作为专门公布清代档案的刊物。后，故宫博物院设文献部，接替掌故部职掌，《掌故丛编》自第十一册随之更名为《文献丛编》，体例亦有改变。

第一期于1930年3月出版第一辑，其余一仍其旧；七辑起由单士元自任编辑。中间仍有断，至1943年1月出版四十六辑，另有增刊六辑，共五十二辑。先后发表的有苏州织造李煦奏折、康熙硃笔御旨、康熙与罗马使节文书、雍正朝关税史料、雍正朝文字狱、圆明园史料、修建京师大学堂史料、俄罗斯档、乾隆朝文字狱、乾隆朝天主教流传中国史料、密记档、荷兰国交聘案、英吉利交聘案、关于鸦片战争之中英交涉事件、英法联军战役之中英中法交涉事件、太平天国史料、教案史料、徐锡麟革命史料、秋瑾女士亲笔告国人书、台湾风俗图等大量关于清代政治、军事、文化、外交、宗教的珍贵史料，使清代档案开始有系统地公布于世，在当时的学术界和社会各界引起强烈反响，至今仍为治清史者推重。